耶氏肺孢子菌感染多见于各种免疫功能低下的患者，常见诊断方法是通过病原体镜检的形态学观察结合影像学特点，但多依赖于临床和实验室的经验，易造成漏检误诊。在这期PathoSeqTM探案中，青年女性患者发热伴咳嗽6天，发展为重症肺炎，临床症状不典型，将肺泡灌洗液样本送检阿吉安基因PathoSeqTMmNGS检测后，精准挖掘出背后“真凶”——耶氏肺孢子菌，以及“同伙凶手”——铜绿假单胞菌、鼻病毒B等病原体。耶氏肺孢子菌在HIV患者的感染中较为常见，随着mNGS等检测技术发展，耶氏肺孢子菌不再是病原学诊断难点。
病史与主诉
患者信息
女，22岁，于年8月9日以“发热伴咳嗽6天”为主诉入院。
现病史
入院前6天洗澡后出现发热，体温最高39.5℃，伴寒战、头痛、咳嗽、干咳，无咳痰、头晕、恶心、呕吐，无腹痛、腹泻，医院，给予对症治疗（具体用药不详），效果欠佳。患者持续高热，为进一步诊治就诊。发病来，神志清，精神差，饮食差，睡眠差，大小便正常，体重无明显变化。
既往史
4医院诊断为“过敏性紫癜、紫癜性肾炎”，规律服用“糖皮质激素（泼尼松40mg减量25mg）、来氟米特20mgQd、钙片、骨化三醇”等，至今体重下降7KG。3月前因“左肾结石、输尿管末端狭窄”行“左输尿管狭窄支架植入术”治疗。否认高血压、心脏病史，否认糖尿病、脑血管疾病病史，否认肝炎、结核、疟疾病史，预防接种史随当地进行，否认外伤、输血、献血史，否认食物、药物过敏史。
入院检测与治疗
体格检测
体温38.5℃，脉搏次/分，呼吸33次/分，血压/65mmHg，消瘦，急性面容，全身无皮疹、皮下出血，双肺听诊呼吸音粗，未闻及干湿性啰音。心前区无隆起，心率次/分，各瓣膜听诊区未闻及杂音。腹平坦，腹软，无压痛、反跳痛，肝脾未触及，无移动性浊音，双下肢无水肿。
血常规
白细胞计数5.06*10^9/L，中性粒细胞百分比84.7%↑，淋巴细胞计数0.55*10^9/L↓，血红蛋白.0g/L，血小板计数*10^9/L，嗜酸性粒细胞绝对值0.00*10^9/L，嗜碱粒细胞绝对值0.01*10^9/L。
C反应蛋白
59.77mg/L↑；PCT：0.05ng/mL。
红细胞沉降测定
55mm/h。
血清G试验
.75pg/mL↑；
血清GM试验
0.17ug/L。
核酸定量检测
巨细胞病毒CMV，EB病毒检测结果阴性。
胸部CT
双肺可见斑片状、结节状磨玻璃，边缘模糊。气管、支气管通畅，纵隔内多发稍大淋巴结。双侧胸膜未见明显增厚。
（图1年8月9日VS8月10日胸部CT）
初步诊断
1.肺部感染；2.紫癜性肾炎；3.左输尿管狭窄支架植入术后。
初步治疗
根据上述检查结果，制定经验性药物治疗方案：复方磺胺甲噁唑2片Tid+美罗培南1.0gQ8h+更昔洛韦0.25gQd+莫西沙星0.4gQd。
PathoSeqTMmNGS检测
进一步检查
为求精准诊疗，采集患者肺泡灌洗液，8月12日送检阿吉安基因PathoSeqTMmNGSDNA+RNA双流程检测。24小时内，mNGS结果回报肺泡灌洗液中检出耶氏肺孢子菌(Pneumocystisjirovecii)，鼻病毒B(RhinovirusB)和铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)等病原体（图2）。
（图2mNGS检测结果）
药物治疗
根据患者临床症状，实验室检测结果以及mNGS检出情况，调整方案进行精准治疗：复方磺胺甲噁唑2.5片Q6h+头孢哌酮舒巴坦3.0gQ8h+更昔洛韦0.2gQ12h+莫西沙星0.4gQd，后根据患者病情好转情况，调整为复方磺胺甲噁唑2片Q6H+头孢哌酮舒巴坦3.0gQ8h+环丙沙星0.4gQ12h。
余治疗上给予：1.甲泼尼龙40mgQd（.08.11-.08.14），20mgQd（.08.14-至今）；2.丙种球蛋白10mgQd（.08.12-.08.16）共5天；3.胸腺肽1.6mgBid；4.机械排痰、雾化、补充白蛋白、加强营养。
治疗效果
治疗后，8月21日胸部CT显示双肺仍有感染灶，但较8月17日吸收好转。8月23日复查中性粒细胞、CRP、PCT等指标均下降至正常。
（图3年8月17日VS8月21日胸部CT）
经验与总结
耶氏肺孢子菌(pneumocystisjirovecii)是一种肺部机会感染性真菌，通过空气飞沫传播，健康宿主通常不致病，多见于各种免疫功能低下的患者，如获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、器官移植术后、长期使用肾上腺皮质激素、白血病、细胞毒性药物或放射治疗的恶性肿瘤等免疫功能低下人群。该患者有“过敏性紫癜、紫癜性肾炎”病史，服用激素治疗，且有“左输尿管狭窄支架植入”的手术史，为耶氏肺孢子菌易感人群。
耶氏肺孢子菌感染肺部，会引起耶氏肺孢子菌肺炎(pneumocystisjiroveciipneumonia，PJP)。PJP患者多以发热为首发症状，继而出现呼吸困难、胸闷、气短、干咳等，气短逐渐加重。影像学检查一般表现为双侧、对称性斑片状或弥漫性肺部浸润灶等，但也需排除其他病原体感染可能。传统实验室诊断方法主要是对耶氏肺孢子菌进行形态学镜检，但这种方法依赖于操作者技术，易造成漏检误诊。
PJP被认为是临床上病原学诊断中的难点，通过mNGS技术可极大降低PJP的漏检率，即便是低载量病原的非HIV患者，这极大的提高了临床对耶氏肺孢子菌的认知，尤其是针对非HIV患者中耶氏肺孢子菌的临床认知。
PCP患者因免疫力低，通常合并多种病原体的感染，最常见合并的病毒为CMV、EBV。mNGS可同时识别多种病原体，对于混合感染的诊断具有重要意义，如在本次探案中，mNGS不仅检出耶氏肺孢子菌，还检出合并感染的铜绿假单胞菌，嗜麦芽窄食单胞菌，以及CMV，值得一提的是，因本次采用mNGSDNA+RNA检测双流程，因此除检测上述DNA病毒，还检测出RNA病毒-鼻病毒B。
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